ネパールと日本の文化的な繋がりは、日本の禅僧で修業僧の聖職者河口慧海がチベットへ向かう途中にネパールを訪れた1899年にさかのぼる。日本とネパールは、文化、宗教の面で多くの類似性を共有し、心情的にも似通っている。ネパールと日本の伝統的な文化は歴史の地下水脈を通じて密接に繋がり、両国の文化に浸透している。加えてネパールは常に多くの日本人旅行者を惹きつけている。
１９０２年、始めてネパールの学生が海外に派遣され、その留学先として日本に渡ってきたということも注目すべきである。第二次大戦後は、多様なレベルでこの友好関係が急速に進展した。１９５２年以来、ヒマラヤ山脈は相次ぐ日本人の登山家チームを魅了してやまない。外交関係は１９５６年９月１日に樹立され、続いて１９５６年には東京に駐日ネパール王国大使館が開設され、1968年にはカトマンズに日本大使館が開設された。
１９８９年長野県松本市とカトマンズ市の姉妹都市締結（北アルプスを背景とした松本盆地の風景が、カトマンズ盆地に似ているためにカトマンズより打診がなされ、締結に到りました。）１９９４年関西国際空港の開港により、日本とネパールのダイレクト便が就航。１９９８年コイララ首相がネパールの民選首相として初訪日。２０００年森総理(当時)が日本の総理大臣として初めてネパールを訪問。
２００６年には日本とネパールの国交関係樹立50周年記念を迎えた。日本とネパールの関係は常に親密で友好的であり、両国の政府と国民が地域の平和と繁栄のみならず互いの利益のために友好関係をさらに発展させることを願っているので、年々密接になっている。５０周年を記念して、さまざまなプログラムが日本とネパールで企画された。